John R. Yates III, Amerikalı kimyager. La Jolla, Kaliforniya'daki Scripps Araştırma Enstitüsü'nde kimyasal biyoloji profesörüdür. Çalışmaları araç geliştirmeye ve proteomik üzerine odaklanmıştır ve kütle spektrometrisi konusunda uzmanlaşmıştır. Otomatik peptit sekanslaması ve Çok Boyutlu Protein Tanımlama Teknolojisi (MudPIT) için SEQUEST algoritmasının geliştirilmesi ile bilinmektedir.Maine Üniversitesi'nin zooloji bölümünden lisans (1980) ve kimya bölümünden yüksek lisans derecesi (1983);Virginia Üniversitesi'nden kümya bölümünden doktora (1987) alarak mezun olmuştur. 1998 yılında Pehr Edman Ödülü'nü, 2004 yılında Biemann Madalyası ve 2006 yılında Christian B. Anfinsen Ödülü'nü kazanmıştır. Ayrıca 2018 yılında Thomson Madalyası almıştır.