• Saadettin Köpek ve bazı emirlerin yardımıyla tahta geçmiş­tir. Ancak devlet yönetiminde vezirin etkisi altında kalmış­tır. Devlet yönetiminde iktidarını sağlamlaştırmak amacıyla Saadettin Köpek’in adamlarını yönetimden uzaklaştırması sonucu veziri ayaklanmıştır. Ayaklanma sonucunda Saa­dettin Köpek öldürülmüştür. 
• Bu dönemin en önemli iç sorunu ise 1240-1242 arasında görülen Baba İshak Ayaklanması’dır. Babailer olayı olarak da bilinen bu olay Anadolu’daki ilk isyan olarak bilinmek­tedir. 

Ayaklanmanın Sebepleri:

• Moğol baskısı nedeniyle Anadolu’ya gelen Türkmenle­rin yerli halk ile geçinememesi 
• islam öncesi geleneklerini devam ettiren Türkmenlerin Selçuklu yönetimi ile anlaşamaması 
• Türkmenlerin bölgeden geçen ticaret kervanlarına sal­dırması
• Baba İshak isyanı dini karakter taşıması se­bebiyle Şeyh Bedrettin ayaklanmasına benze­mektedir.

• Babaîlerin isyanının zorlukla bastırılması Türkiye Selçuklu­ların zayıfladığını gösterirken Moğolların Anadolu’yu işga­lini hızlandırmıştır. 
• Baba ishak isyanı ile Türkiye Selçuklularının zayıflaması Moğolların harekete geçmesine sebep olmuştur. Moğolla­rın Erzurum bölgesini yağmalaması sonucu iki taraf 1243’te Kösedağ Savaşında karşı karşıya gelmişlerdir.
• Baycu Noyan önderliğindeki İlhanlılar, Kösedağ Savaşın­da Anadolu Selçukluları mağlup etmişlerdir. Bu tarihten sonra da Anadolu Moğolların kontrolüne girmiştir.
•  Anadolu Selçuklu Devleti yıkılış sürecine girdi. 
• Anadolu Türk siyasi birliği bozuldu ve Anadolu’da II. Beylikler dönemi başladı. 
• Anadolu’da merkezi otorite bozuldu. 
• Kerimüddin Aksarayi yazdığı Müsâmere­tü’l-Ahbâr adlı eserinde Moğolların Anadolu’yu işgali hakkında bilgi vermektedir. 
• Kösedağ Savaşından sonra Anadolu’nun İlhanlılar tarafın­dan istilasına tepki olarak çıkan ilk isyan Kayseri Pınarba­şındaki Hatiroğlu Şerafeddin Bey isyanıdır.
• Kösedağ savaşı sonrası yıllık vergi vermek şartıyla Anado­lu Selçuklular Moğollara bağlı hale geldiler. Selçuklu sul­tanlarını Moğollar atamaya başlamıştır. 1308 son Selçuklu Sultanı II. Mesut’un ölmesinden sonra yeni hükümdar tayin etmediler ve Anadolu Selçukluların siyasi hayatı sona er­miş oldu. Moğolların Anadolu’daki etkisi 1336 İlhanlıların yıkılışına kadar devam etmiştir.