3 Temmuz’da Erzurum’a gelen Mustafa Kemal halkın yoğun ilgisi ile karşılandı. Mustafa Kemal, Erzurum Kongresi öncesinde İstanbul Hükûmeti’nin geri dönmesi konusundaki baskısı karşısında 8/9 Temmuz gecesi telgraf başında İstanbul Hükûmetine askerlik görevinden istifa ettiğini bildirdi. Mustafa Kemal bu durumu şöyle açıklamıştır.
Askerlik görevi sona eren Mustafa Kemal’e Erzurum Kongresi hazırlıkları devam ederken "Ben ve kolordum, hepimiz emrinizdeyiz paşam!" sözüyle 15. Kolordu Komutanı Kâzım Karabekir Paşa destek verdi. İstanbul Hükûmetinin Mustafa Kemal’i tutuklaması emrini de yerine getirmedi.
Doğu Anadolu Müdafaa-i Hukuk Cemiyeti ve Trabzon Muhafaza-i Hukuk-u Millîye Cemiyetinin düzenlediği kongre Doğu Anadolu’nun Ermenilere bırakılmasına engel olmak üzere toplandı. 10 Temmuz’da toplanması gereken kongre ancak 23 Temmuz’da toplanabildi. Mustafa Kemal’in başkanlığını yaptığı kongrede şu kararlar alındı:
• Millî sınırlar içinde vatan bir bütündür, parçalanamaz.
• Yabancı işgal ve müdahalesine karşı İstanbul Hükûmeti’nin dağılması hâlinde, millet hep birlikte vatanı savunacak ve direnecektir.
• Vatanın bağımsızlığını korumayı İstanbul Hükûmeti sağlayamadığı takdirde, geçici bir hükûmet kurulacaktır.
• Kuvâ-yı Millîye’yi etkin ve millî iradeyi hâkim kılmak esastır.
• Azınlıklara siyasi hâkimiyet ve sosyal dengeyi bozacak haklar verilemez.
• Manda ve himaye kabul olunamaz.
• İşgal emeli taşımayan devletlerin yardımları kabul edilecektir.
• Millî Meclisin derhâl toplanması ve hükûmet işlerinin Meclis tarafından denetlenmesi için çalışılacaktır.
Erzurum Kongresi’nde Mustafa Kemal’in başkanlığında bir Temsil Heyeti seçildi. İstanbul Hükûmeti ile haberleşme kesildi. Kongrede alınan kararlar tüm yurda duyuruldu. Erzurum Kongresi, amacı ve toplanma şekli bakımından bölgesel, alınan kararlar tüm yurdu kapsadığı için de millî bir kongredir. İlk kez millî sınırlardan söz edilmiş, manda ve himaye konusu tartışılarak reddedilmiştir. Bu Kongrede millî iradenin hâkim kılınması gerektiği açıkça vurgulanmıştır. Millî hâkimiyete dayalı yeni bir Türk devletinin ipuçları verilmiştir. Nitekim Mustafa Kemal Kongre sürecinde Mazhar Müfit’e gelecekte yönetim biçiminin cumhuriyet olacağını söylemiştir.
