Mahkeme bünyesinde idari bir yapılanma olarak beş bölüm oluşturulmuştur. Mahkeme İçtüzüğüne göre her bir hâkim, beş bölümden bir tanesinde görev yapmaktadır. Hâkimlerin bölümlere dağılımında coğrafi bölgeler, cinsiyet ve Sözleşmeci devletlerin sahip olduğu farklı hukuk sistemlerinin dengeli temsiline özen gösterilir. Ayrıca bölümlerin kompozisyonu her üç yılda bir değiştirilmektedir